در زمان شاه عباس اول (۹۹۶- ۱۰۳۸ ق / ۱۵۸۷ – ۱۶۲۹م) دور جدید جنگ های ایران و عثمانی آغاز و سپاه ایران در۱۰۱۲ق/ ۱۶۰۳م مجبور به عقب نشینی شد. شاه عباس با اعمال سیاست زمین های سوخته ‏دستور تخلیۀ ساکنان کلیۀ مناطق مسکونی دشت آرارات و منطقۀ نخجوان را داد تا مانع عبور ارتش عثمانی ‏به جنوب رود ارس شود.‏

کوچ اجباری ارمنیان ساکن این مناطق به داخل خاک ایران در چندین مرحله صورت گرفت و مهاجران به ‏مناطقی همچون گیلان، مازندران، همدان، کاشان، فریدن، چهارمحال و بختیاری، شیراز و اصفهان کوچ داده شدند. ‏به دستور شاه عباس بازرگانان شهر جلفا[۱] و صنعتگران و هنرمندان شهرهای ایروان، قارص، تبریز و ‏نخجوان به اصفهان منتقل[۲] و در محله های مختلف شهر و جنوب زاینده رود ساکن شدند.‏

شاه عباس هفت سال پس از کوچ اجباری ارمنیان به اصفهان، با هدف جلوگیری از بازگشت آنان به ‏سرزمین اجدادی شان و اسکان دائم آنان در این شهر، طی فرمانی زمین های حد فاصل رودخانۀ زاینده رود تا دامنه ‏های کوه صفه، منطقه ای بالغ بر ۲۳۳ هکتار،[۳] را برای ساخت خانه به ارمنیان اصفهان اختصاص ‏داد. [۴] آنان در مکان جدید خانه های خود را به همراه کلیساهای متعدد بنا کردند و محلۀ جدید را، به یاد شهر ‏جلفا در کنار رود ارس، جلفای نو نامیدند. [۵]

شاه عباس، که از ابتدای قرن هفدهم میلادی به مبلغان مذهبی کاتولیک اجازۀ فعالیت در مناطق غیر ‏مسلمان نشین ایران را داده بود،[۶] پس از استقرار ارمنیان در اصفهان طی فرمانی در ۱۰۲۳ ق / ۱۶۱۴م ‏دستور داد تا کلیسای جامع ارمنیان را، واقع در شهر اجمیادزین،[۷] تخریب و سنگ های آن را به اصفهان حمل کنند ‏تا کلیسایی جامع برای ارمنیان در محلۀ باغ زرشک، واقع در شرق جلفای اصفهان، ساخته شود و طی همین فرمان از ‏پاپ، رهبر کاتولیک های جهان، خواست تا نمایندۀ خود را برای استقرار در آنجا بفرستد و مسیحیان ایران را، که عمدتاً ‏ارمنیان بودند، تحت فرمان خود درآورد. شاه عباس در متن فرمان خود چنین می گوید «… کس نزد حضرت ‏بابا خواهیم فرستاد که یکی از کشیشان و رهبانان ملت مسیحی را بدارالسلطنۀ اصفهان فرستد که در آن کلیسا ‏به آداب عبادت قیام کرده و طوایف مسیحیه را به اطاعت و عبادت ترغیب نماید …».‏

در صورت تحقق فرمان شاه عباس کلیسای ارمنیان ایران تحت نظارت کلیسای کاتولیک و شخص پاپ ‏قرار می گرفت که به هیچ وجه نمی توانست مورد قبول کلیسای ارمنی باشد. [۸] صدور این فرمان شاه ‏عباس دلایل سیاسی و ریشه در روابط با کشورهای اروپایی داشت، اما نتیجۀ آن برای ارمنیان ایران دخالت ‏در امور مذهبی آنان، به خطر افتادن استقلال کلیسای ارمنی، پنجاه سال تأخیر در ساخت کلیسای جامع دیر سورپ ‏آمناپرکیچ[۹] و دخالت مبلغان مذهبی اروپایی در امور ارمنیان ایران به خصوص ارمنیان جلفای اصفهان بود. از آنجایی که صدور این فرمان بر ساخت کلیسای دیر آمناپرکیچ تأثیر مستقیم گذاشت لازم می دانیم تا نگاهی ‏مختصر به آن بیفکنیم.‏

شاه عباس اول از این واقعیت آگاه بود که برای به نتیجه رساندن جنگ های طولانی و خونینی که از نیمۀ دوم قرن شانزدهم میلادی (قرن دهم قمری) بین ایران و عثمانی آغاز شده و تا آن زمان نیز نتیجۀ مطلوبی برای ایران به بار ‏نیاورده بود نیازمند اتحاد با کشورهای اروپایی و گشودن جبهۀ جدیدی در غرب امپراتوری عثمانی است. او برای ‏تحقق این هدف با اروپاییان وارد مذاکره شد و روابط خود را با کشورهای اروپایی گسترش داد. [۱۰] شاه عباس، ‏که تصور می کرد با دادن اجازه به مبلغان مذهبی با همراهی پاپ و حاکمان اروپایی اتحادی ضدعثمانی به وجود می آورد، اجازۀ ورود آنان را به ایران صادر کرد اما آنان می بایستی مذهب خود را تنها در بین ارمنیان، آشوریان، کلدانی ها، ‏زرتشتی ها و یهودیان تبلیغ می کردند. این امر مورد استقبال پاپ و حاکمان اروپایی واقع شد و نمایندگان متعددی ‏به همراه مبلغان مذهبی راهی ایران شدند که معروف ترین آنان رابرت و آنتونی شرلی[۱۱] بودند. در شوال ۱۰۱۶ق/ فوریۀ ۱۶۰۸م شاه عباس سفیر خود، حسینعلی بیگ بیات، را به همراه رابرت شرلی و ‏شماری از بزرگان ایران برای مذاکره با پاپ با هدف ترغیب کشورهای اروپایی برای آغاز جنگ با عثمانی به ‏اروپا فرستاد. این هیئت اعزامی در ۲۸ سپتامبر ۱۶۰۹م/ ۲۸ جمادی الثانی ۱۰۱۸ ق با پاپ پل پنچم[۱۲]ملاقات ‏کرد‏‎[۱۳].‎‏ در این ملاقات، رابرت شرلی پیام شاه عباس در خصوص اجازۀ اعزام کشیشانی از طرف پاپ به منظور ‏استقرار در سه کلیسای اصلی ارمنستان[۱۴] ارائه و پاپ نیز از پیشنهاد شاه عباس استقبال کرد. [۱۵] ‏هیئت اعزامی سپس با فیلیپ سوم،[۱۶] پادشاه اسپانیا، ملاقات کرد. پادشاه اسپانیا طی نامه ای به شاه عباس ‏وعدۀ آغاز جنگ با عثمانی را با صدور فرمان پاپ به وی داد. [۱۷] او همچنین در مذاکراه با رابرت شرلی در ‏قبال شروع جنگ با عثمانی و اخراج پرتقالی ها از خلیج فارس خواستار مالکیت اسپانیا بر بندر گمبرون، جزیرۀ ‏بحرین و شماری از قلعه های ساحل خلیج فارس شد.‏ [۱۸]

در حالی که شاه عباس برای جلب همکاری پاپ فرمان ۱۰۲۳ق/ ۱۶۱۴م را در خصوص ساخت کلیسای جامع ‏در جلفای اصفهان صادر و اجازۀ فعالیت به مبلغان مذهبی را داد در مقابل پاپ و پادشاه اسپانیا به غیر از اعزام بازرگانان و مبلغان مذهبی و دادن وعده دست به اقدام دیگری نزدند. شاه عباس ‏بار دیگر در ۱۰۳۳ق/ ۱۶۲۴م نقد علی بیگ و موسی بیگ را در مقام سفیران خود به اروپا فرستاد تا حاکمان ‏کشورهای اروپایی و پاپ را قانع کنند که عثمانی خطر بزرگی برای اروپاست اما نتیجه ای حاصل ‏نشد زیرا حکومت عثمانی به علت جنگ با ایران دیگر خطری برای اروپا محسوب نمی شد تا آنان مجبور به جنگ علیه عثمانی شوند، موضوعی که شاه عباس از آن غفلت کرده بود.‏

صدور فرمان ۱۰۲۳ق/ ۱۶۱۴م شاه عباس برای ساخت کلیسای جامع تحت نظارت پاپ برای ارمنیان، با استفاده از سنگ های کلیسای اجمیادزین، از چند جهت سبب نگرانی عمیق ارمنیان شده بود. اول اینکه، کلیسای اجمیادزین مکانی ‏مقدس برای کل ارمنیان جهان محسوب می شد و یکی از زیارتگاه های مهم آنان بود و تخریب آن بی حرمتی به ‏اعتقادات مذهبی کل ارمنیان محسوب می شد. دوم اینکه، پس از قرن ها کلیسای ارمنستان استقلال خود را از ‏دست می داد و سوم اینکه، حفظ فرهنگ و مذهب برای ارمنیانی که از سرزمین اجدادی خود به دور افتاده بودند بسیار ‏اهمیت داشت حال آنکه با قبول مذهب کاتولیک هویت آنان در معرض خطر قرار می گرفت و این امکان وجود داشت که آنان ‏نیز سرنوشتی همچون گرجی های کوچ داده شده به منطقۀ فریدن و ارمنیان منطقۀ ماکو داشته باشند.‏

در دورۀ مذاکرات با پاپ و کشورهای اروپایی مبلغان فرقه های مختلف ‏کاتولیک، به خصوص کارملیت ها،[۱۹] با حمایت رابرت شرلی و همسرش، که هر دو کاتولیک بودند، فعالیت تبلیغی ‏در محله های ارمنی نشین کردند و موفق شدند کلیسای آودیک را در منطقۀ ارمنی نشین جلفای اصفهان بنا ‏کنند و تبلیغ مذهب خود را در بین ارمنیان این منطقه گسترش دهند. [۲۰] در تمام این مدت، روحانیان کلیسای ‏ارمنی نسبت به این فعالیت ها عکس العمل نشان دادند و رقابت ناخوشایندی بین پیروان این دو کلیسا در مناطق ارمنی نشین وجود داشت.‏

هرچند ارمنیان از ابتدای استقرار در منطقۀ جلفای اصفهان با کسب اجازه از شاه عباس کلیساهای متعددی ‏در این منطقه ساخته بودند[۲۱] اما فرمان شاه و نفوذ مبلغان کارملیت در دربار مانعی بر سر راه ارمنیان ‏برای ساخت کلیسای جامع خود به منزلۀ مرکز رهبری مذهبی ارمنیان جلفای اصفهان بود.‏

پاپ اوربان هشتم[۲۲] برای سرعت بخشیدن به اجرای فرمان شاه دستور داد تا دو روحانی برجستۀ فرقۀ ‏کاپوچین[۲۳] به نام های پدر گابریل[۲۴] و پدر پاسیفیک[۲۵] به دربار صفوی اعزام شوند. این دو نفر در ۱۰۳۸ق/ ۱۶۲۸م وارد قزوین شدند. پدر پاسفیک به دستور شاه عباس در مقام سفیر به اروپا بازگشت اما پدر ‏گابریل تحت حمایت شاه عباس وارد جلفای اصفهان شد. پاپ دو مأموریت به پدر گابریل محول کرده بود: اول نفوذ ‏در دربار صفوی و دوم به اجرا گذاشتن فرمان شاه عباس و تحت نظارت درآوردن کلیسای ارمنی. حضور وی سبب افزایش تنش بین کلیسای ارمنی و کلیسای کاتولیک شد و تنها زمانی از شدت این تنش کاسته شد که در ۱۰۴۶ق/ ‏‏۱۶۳۶م پدر ‏گابریل به فرانسه بازگشت.‏ [۲۶]

فرمان شاه عباس برای ساخت کلیسای جامع برای ارمنیان تحت نظارت پاپ و وعده های دیگر او به پاپ ‏سبب نگرانی عمیقی در بین روحانیان ارمنی جلفای اصفهان شده بود زیرا این امکان وجود داشت که شاه عباس ‏برای تحت تأثیر قرار دادن پاپ اقدام به صدور فرمانی مبنی بر پیروی کل ارمنیان تحت نظارت حکومت خود ‏از پاپ نیز بکند. برای جلوگیری از صدور چنین فرمانی و ممانعت از اجرای فرمان ۱۰۲۳ق/ ۱۶۱۴م رقابت ‏تنگاتنگی میان روحانیان و بازرگانان ارمنی و مبلغان کاتولیک، که از حمایت بازرگانان و نمایندگان اروپایی ‏برخوردار بودند، در دربار به وجود آمده بود. [۲۷] بازرگانان ارمنی، به ویژه، خواجه نظر، که بازرگانی با نفوذ در ‏دربار و اولین حاکم منطقۀ جلفای اصفهان بود، هرچند نتوانستند فرمان شاه عباس را لغو کنند اما توانستند اجرای آن را به تأخیر اندازند و از تخریب کلیسای اجمیادزین جلوگیری کنند. البته، هزینۀ بسیار سنگین حمل ‏سنگ های کلیسای اجمیادزین به اصفهان و خلف وعده های حاکمان اروپایی نیز به این امر کمک ‏کرد. با این حال بخشی از کلیسا تخریب و تعدادی از سنگ های آن به اصفهان حمل و در کلیسای ‏گئورگ مقدس قرار داده شد که تا به امروز نیز در این کلیسا حفظ شده است.‏ [۲۸]

در زمان حکومت شاه صفی اول (۱۰۳۸ ـ ۱۰۵۲ق/ ۱۶۲۹ ـ ۱۶۴۲م)، جانشین شاه عباس اول، پاپ اوربان هشتم برای ‏یادآوری فرمان شاه عباس در خصوص ساخت کلیسای جامع نامه ای به وی ‏نوشت که آن را کاردینال بارنارد، در ۱۰۵۰ق/۱۶۴۰م، با خود از بغداد به اصفهان آورد[۲۹] اما از آنجایی که پاپ و ‏حاکمان اروپایی به وعده های خود عمل نکرده بودند، شاه صفی نیز دلیلی برای اجرای فرمان شاه عباس ‏نمی دید. ارمنیان، که برای لغو این فرمان تمام تلاش خود را می کردند، پس از به حکومت رسیدن شاه عباس ‏دوم (۱۰۵۲ ـ ۱۰۷۷ق/۱۶۴۲ ـ ۱۶۶۶م) برای توقف فعالیت مبلغان مذهبی به شاه شکایت کردند اما شاه در جواب اظهار داشت ‏که اجازۀ فعالیت آنان به دست جدش صادر شده و او به این تصمیم احترام می گذارد و درخواست ارمنیان را رد ‏کرد.‏ [۳۰]

در سال های ۱۰۶۴ و ۱۰۶۵ق/ ۱۶۵۴ و ۱۶۵۵م دو تحول مهم برای ارمنیان اصفهان رخ داد. شاه عباس دوم، که از خلف وعدۀ کشورهای اروپایی در خصوص ورود به جنگ علیه عثمانی در جبهۀ غرب سرخورده شده بود، در تجدیدنظر در روابط با آنان از اجرای فرمان شاه عباس اول در ساخت کلیسای جامع ‏تحت نظارت پاپ دست برداشت و دیگر از مبلغان مذهبی کاتولیک حمایت نکرد. او در۱۰۶۴ق/ ۱۶۵۴م با صدور فرمانی دستور ساخت کلیسای جامعی را که شاه عباس اول قول ساخت آن را به پاپ داده بود لغو کرد. در متن فرمان چنین آمده است «… و در این وقت رعایای ارامنۀ ساکن دارالسطنه مزبور به عرض رسانیدند ‏که احداث کلیسای مزبور باعث تفرقۀ رعایا و رفتن ایشان به الکای فرنگ است. بنابراین، ساختن کلیسای مزبور را در این وقت ‏موقوف فرمودیم …». ‏

تحول مهم دیگر در ۱۰۶۵ق/ ۱۶۵۵م رخ داد. در این تاریخ به فرمان شاه ‏عباس دوم ارمنیان ساکن در اصفهان به جنوب زاینده رود کوچ داده شدند و در مناطق غرب جلفای نو ‏ساکن گردیدند. شش کلیسایی نیز که به دست آنان در اصفهان بنا شده بود تخریب شد. [۳۱]

لغو فرمان ساخت کلیسای جامع تحت نظارت پاپ فرصتی مناسب برای ارمنیان جلفای اصفهان فراهم آورد تا دست به کار ساخت کلیسای جامع خود در دیر ‏آمناپرکیچ شوند. ارمنیان یک سال پس از استقرار در جنوب زاینده رود، در ۱۰۱۴ق/ ۱۶۰۶م، دیر آمناپرکیچ را به یاد ‏دیری به همین نام، واقع در شهر جلفای ارس، در محلۀ میدان بزرگ بنا کرده بودند که شامل نمازخانۀ کوچکی به ‏همراه ساختمان های هم جوار آن برای استقرار اسقف اعظم، رهبر دینی ارمنیان اصفهان و ساختمان هایی برای ‏مرکز علمی، کتابخانه و اقامتگاه راهبان بود. خلیفه گری ارامنۀ ایران، که در این دیر قرار داشت، مسئول رسیدگی ‏به امور مربوط به احوال شخصیۀ ارمنیان شامل ثبت ازدواج، طلاق، حضانت، امور ارث و سایر موارد بود.‏

مرکز علمی دیر در ۱۰۴۰ق/ ۱۶۳۰م به دست اسقف خاچاطور کساراتسی[۳۲] و کمک شاگرد وی، سیمون جوقایتسی و نیز حمایت جاثلیق اجمیادزین، گریگور داتواتسی(۱۶۲۹ ـ ۱۶۳۲م) و حمایت مالی بازرگانان جلفای اصفهان تأسیس شد[۳۳] ‏که در آن دروس ادبیات، دستور زبان، خوش نویسی، فلسفه، علوم طبیعی، هندسه، موسیقی، الهیات و مینیاتور ‏تدریس می شد. [۳۴] دیر آمناپرکیچ با تلاش های اسقف کساراتسی و شاگردان وی در مدتی بسیار کوتاه به یک مرکز ‏مذهبی و علمی پرقدرت پس از اجمیادزین تبدیل شد و دانشمندان، فیلسوفان و نقاشان بسیاری از این مرکز علمی ‏فارغ التحصیل شدند. [۳۵] در ۱۰۴۸ق/ ۱۶۳۸م، اولین چاپخانۀ ایران و خاورمیانه، به دست اسقف خاچاطور کساراتسی، در این ‏دیر راه اندازی شد.‏

هرچند ارمنیان جلفای اصفهان کلیساهای متعددی طی دو دهۀ اول قرن هفدهم میلادی در محله های ‏مختلف بنا کرده بودند اما نیاز به یک کلیسای جامع با شکوه در مکان دیر محسوس بود. این دیر، که مرکز مذهبی و ‏علمی ارمنیان ایران بود، دارای کلیسایی کوچک بود و به علت وجود فرمان شاه عباس اول امکان ساخت کلیسایی با شکوه ‏در این مکان وجود نداشت تا اینکه سرانجام به علت سردی روابط ایران با اروپا شرایط مساعدی برای ساخت کلیسا به وجود آمد. نمازخانۀ ‏کوچک دیر بلافاصله پس از صدور فرمان شاه عباس دوم (در۱۰۶۴ق) با همت اسقف داوید اول جوقایتسی(۱۶۵۲ ـ ۱۶۸۳م)، از شاگردان اسقف خاچاطور کساراتسی و جانشین وی، با هدف ساخت کلیسایی بزرگ تر در ۱۰۶۵ق/ ۱۶۵۵م تخریب و طی نه سال با کمک های مالی ارمنیان جلفای نو کلیسای جامع با نام قدیس هوسپ ‏آرماتاتسی[۳۶]ساخته شد. بنای کلیسا در ۱۰۷۵ق/ ۱۶۶۴م یعنی ۳۵۰ سال قبل، خاتمه یافت[۳۷]و در ‏این خصوص کتیبه ای نیز در بالای ورودی غربی کلیسا نصب شد که متن آن به قرار زیر است:‏

Շահ երկրորդ թագաւորութեան ի ՌՃԴ., ի թիվն Վանքս Ամենափրկչի Հիմնարկեցաւ Առաջնորդի ուխտի սուրբ ձեռն ի Փիլիպպոսի, տեառն կաթուղիկոսութեան և Աբբասին աւարտեցաւ և ժողովրդոց, Ջուղայու տրօք և կամակցութեամբ Վարդապետի, Դաւթի բաժին և լիցի մասն ]աղաչանօք ‎ որք ‎ի սմա կատարի և Պատարագ Որքան ամի։ ՌՃԺԳ. հարկ կենդանեաց և ննջեցելոց։[۳۸

دیر آمناپرکیچ از تاریخ ساخت تا کنون مقر خلیفه گری ارامنۀ اصفهان و جنوب ایران بوده و کلیسای ‏آرماتاتسی نیز کلیسای جامع کل ارمنیان این منطقه است.‏

با اشغال اصفهان به دست محمود افغان در ۴جمادی الثانی۱۱۳۴ق/ ۲۲ مارس ۱۷۲۲م وی دست به غارت و کشتار مردم شهر از جمله ‏ارمنیان جلفای اصفهان زد. او به بهانۀ مسیحی بودن ارمنیان برای چندین سال متوالی دست از غارت و کشتار ‏اهالی این منطقه نکشید و سبب مهاجرت بسیاری از ارمنیان جلفای اصفهان به مناطق غرب ایران و کشور هند ‏شد به طوری که جمعیت ارمنی شهر در۱۱۴۲ق/ ۱۷۲۹م به یک سوم تقلیل یافت. [۳۹]

ارمنیانی که به هندوستان و سپس، به منطقۀ هند و چین مهاجرت کردند ارتباط خود را همچنان با جلفای ‏اصفهان حفظ کردند و در کلیۀ کلیساهایی که در مناطق جدید می ساختند از فرامین اسقف اعظم دیر ‏آمناپرکیچ پیروی می کردند و خلیفه گری مستقر در دیر سورپ آمناپرکیچ با نام خلیفه گری ارامنۀ اصفهان و هند نامیده ‏می شد.‏

مجموعۀ‎‏ دیر‎ سورپ ‎آمناپرکیچ دارای مساحتی بالغ بر ۸۷۳۱ متر مربع است که شامل کلیسای‎ ‎اصلی و صحن آن،‎‏ ناقوس ‎خانه،‎‎‏ کتابخانه، ‎موزه،‎‏ برج‎ ‎ساعت، اتاق های‏‎ ‎مخصوص اقامت‏‎ ‎اسقف‏‎ ‎و‏‎ ‎کشیشان‎ و‎ ‎همچنین،‏‎ ‎تالار‎های‎‏ اجتماعات‎‏ و‎ ‎چاپخانه ‏‎است.‏

کلیسای هوسپ آرماتاتسی مقدس دارای پلانی مستطیل شکل در جهت شرقی‎ ‎غربی با ابعاد‎ ‎‏۱۰/۵۳ در ۱۴/۹۲ متر است ‏ که از‎ ‎نظر اصول مذهبی و پلان منطبق با ‎کلیساهای ارمنستان و از نظر شکل خارجی و نما کاملاً متفاوت از شیوۀ معماری ارمنی و‏‎ ‎مطابق با شیوۀ معماری ایرانی بنا شده است.

سقف‎ ‎و‎ ‎گنبد اصلی آن بر ‎روی قوس‎ ‎هایی که به دیوارهای کلیسا و دو‎ ‎ستون بزرگ متصل به دیوارهای‎ ‎جانبی است تکیه دارد.‏گنبد اصلی کلیسا دارای دوازده‎ ‎متر‎ ‎ارتفاع و‎ ‎هشت نورگیر‎ ‎است که تحت تأثیر معماری ایرانی به صورت‎ ‎دوجداره ساخته شده و فاقد هرگونه تزیینات خارجی است. در‎ ‎سمت‎ ‎غرب بنا، گنبد قوسی شکل دیگری قرار دارد.‏

نمای خارجی کلیسا فاقد هر‎گونه تزیینات و دارای قاب بندی ‎هایی‏ با نمای آجری است. کلیسا با ‏آجر و خشت ساخته شده و کلیۀ دیوار‎‎های داخلی با گچ پوشانده و برروی آنها نقاشی هایی با رنگ روغن و با‎ ‎موضوعاتی از کتاب‎ ‎مقدس به دست استادان ارمنی ترسیم شده است به گونه‎ ‎ای که تمامی سطح دیوارهای داخلی کلیسا ‏پوشیده از نقاشی های بسیار زیباست.‏محراب کلیسا در قسمت شرقی بنا واقع شده و در‎ ‎دو طرف آن اتاقک‎ ‎های چهار‎ ‎گوش و در‎ ‎زیر محراب نیز مدفن اسقف داوید‎ ‎جوقایتسی و‎ ‎اسقف خاچاطور‎ ‎ کساراتسی قرار دارد‏‎ [۴۰].‎

یکی از نخستین بناهای دیر ساختمان چاپخانه است که به دست اسقف کساراتسی در۱۰۴۶ق/ ۱۶۳۶م بنا ‏نهاده شده و اولین کتاب چاپی نیز در۱۰۴۸ق/ ۱۶۳۸م با دستگاه چاپی که اکنون در موزۀ دیر نگهداری می شود به چاپ ‏رسیده است.‏ [۴۱]

در بالای ضلع غربی کلیسا، ناقوس خانۀ کوچکی با پلان چهار ضلعی و گنبد با تزیینات روی دیوارهای ‏خارجی قرار دارد که سال ها پس از ساخت کلیسا بنا شده است. [۴۲] ساق گنبد دارای دوازده ستون با مصالح آجر ‏است و در بالای ساق و زیر گنبد دوازده ضلعی حاشیۀ کاشی کاری قرار دارد. در سمت غرب کلیسا و سه متر ‏دورتر از آن، برج ناقوس سه طبقه ای در ۱۱۱۴ق/ ۱۷۰۲م بنا شده که دارای ده متر ارتفاع و از نظر شکل ‏کلی شبیه ناقوس خانۀ کوچک واقع در بالای ضلع غربی کلیسا است. پلان برج ناقوس چهارگوش است که بر روی صفه ای مربع شکل با ‏اضلاع ۹/۸ متر قرار دارد. چهار ستون طبقۀ اول با سنگ بازالت و به شکل مدور با سرستون و ته ستون ساخته ‏شده اما مابقی بنا و ستون های دو طبقۀ بعدی با آجر ساخته شده است. ساق گنبد دارای دوازده ستون با سنگ بازالت ‏مدور با ته ستون و سرستون است که گنبد دوازده ضلعی بر روی آن قرار دارد و در زیر حاشیۀ گنبد و بالای ‏ستون های ساق کاشی کاری صورت گرفته. در سالیان بسیار دور، از طبقۀ دوم برج ناقوس خانه به منزلۀ نمازخانه استفاده می شده است. بر روی صفۀ زیر برج ناقوس، قبر شماری از روحانیان دیر قرار دارد. کف حیاط اطراف برج ناقوس، ‏با سنگ قبرهای روحانیانی که طی سالیان طولانی در این دیر خدمت کرده اند فرش شده است.‏

در ۱۸۵۰م، کف حیاط دیر با سنگ پوشانده شد و برای فرش کردن از سنگ های کلیسای تومای ‏مقدس، که در ۱۱۰۷ق/۱۶۹۵م در کنار زاینده رود بنا و پس از حملۀ محمود افغان متروکه و تخریب شده بود، ‏استفاده کردند.‏ [۴۳]

در ۱۲۷۷ق/ ۱۸۶۰م ساختمان قدیمی خلیفه گری تخریب و بنای جدید دو طبقه ای در قسمت جنوب غربی کلیسا بنا ‏شد و در ۱۳۳۴ق/ ۱۹۱۵م با بنای بخش های جدید، در سمت شرقی، این بنا گسترش یافت.‏

در ۱۳۲۳ق/ ۱۹۰۵م ساخت و ساز گسترده ای در محوطۀ دیر صورت گرفت از جمله اینکه اقامتگاه راهبان دیر در سمت ‏شمال محوطۀ دیر تخریب و کتابخانۀ مخصوص نگهداری کتاب های دست نویس در این قسمت بنا شد. کتاب ‏های دست نویس و چاپی مربوط به قرن هفدهم میلادی، که یکی از گنجینه های با ارزش ارمنیان جلفا محسوب می شود، در ‏دو دوره غارت شده: نخست در دوران حملات محمود افغان و باردیگر طی ۱۱۸۴ ـ ۱۲۰۵ق/ ۱۷۷۰ ـ ‏‏۱۷۹۰م[۴۴] در دوران جنگ های داخلی. با تأسیس کتابخانه کتاب های باقی مانده در مکان مناسب قرار داده شدند. در ‏دو سمت ورودی اصلی کتابخانه، نیم تنۀ بارویر سواک و هوانس شیراز، دو تن از نویسندگان معاصر ارمنی، قرار ‏داده شد. در ۱۹۰۵م ورودی اصلی دیر در دیوار ضلع غربی بازسازی و دو اتاق در دو طرف ورودی ‏بنا شد.‏

در همین سال (۱۹۰۵م)، بناهای الحاقی در ضلع شمالی کلیسا ساخته شد که شامل دو اتاق بزرگ و کوچک است که ‏بنایی ستون دار آنها را از یکدیگر جدا می کند. بین این سه بنا و کلیسا راهروی سرپوشیده ای نیز قرار ‏دارد. [۴۵] این بنای الحاقی با آجر ساخته و درنتیجه هماهنگی آن با ساختمان کلیسا حفظ شده اما ‏ارتفاع آن کمتر از ارتفاع کلیساست. بر روی دو ستون واقع در اتاق ستون دار تصویرهای خواجه آودیک و ‏خواجه پطروس، دو تن از بازرگانان با نفوذ ارمنی در دربار صفوی، نقاشی شده است. دیوارهای این قسمت دارای تزیینات و قاب بندی هایی شبیه دیوارهای خارجی کلیسا، سنگ نوشته ها و سنگ صلیب های متعدد است و در کف این قسمت از بنا نیز قبر چند تن از روحانیان برجستۀ دیر قرار دارد.‏

بنابر بررسی دقیقی که در ۱۳۴۳ش/ ۱۹۶۴م از کل محوطۀ دیر صورت گرفته مشخص شده است که ۱۴۸ قطعه ‏سنگ صلیب به اندازه های مختلف و طی دوره های متفاوت تراشیده شده و در نقاط مختلف دیر از جمله ۷۸ قطعۀ آنان در داخل دیوارهای بناهای مختلف نصب شده است.‏ [۴۶]

در ۱۳۰۹ش/۱۹۳۰م، ساختمان جدید چاپخانه در ضلع شمال غربی دیر و ساختمان موزه در ضلع شرقی ‏کتابخانه بنا و در دو طرف ورودی اصلی ‏ موزه نیم تنۀ اسقف خاچاطور کساراتسی و مسروپ ماشتوتس ‏مقدس قرار داده شد.‏ [۴۷]

در ۱۳۱۰ش/ ۱۹۳۱م، در بالای ورودی اصلی دیر، برج ساعت در سه طبقه با پلان مربع شکل، با مصالح ‏آجر و کاشی کاری های شبیه دو برج ناقوس بنا و در طبقۀ دوم آن ساعتی با وزن سیصد کیلوگرم قرار داده ‏شد.‏

در ۱۳۵۰ش/ ۱۹۷۱م، کتابخانۀ جدیدی در شرق ساختمان موزه بنا و کلیۀ کتاب های دست نویس به مکان ‏جدید منتقل شد. در ۱۳۵۴ش/ ۱۹۷۵م، در شصتمین سالگرد کشتار ارمنیان به دست دولت عثمانی، بنای یادبودی در ‏ضلع شمال غربی دیر قرار داده شد.‏

در اطراف دیر، دیوارهایی بلند و پهن با آجر و خشت ساخته و با حفظ دیوارهای قبلی ‏قسمت هایی از آن با نمای آجری پوشانده شده است.